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  1. フロンティア科学実験総合センター
  1. フロンティア科学実験総合センター
  2. 学術雑誌掲載論文(フロンティア科学実験総合センター)

ヒト腸管微生物叢のメタゲノム分析のためのDNA単離法の改良

http://hdl.handle.net/10458/4555
http://hdl.handle.net/10458/4555
6b1e6846-409c-4331-9ceb-22a337dd4ce9
名前 / ファイル ライセンス アクション
hayasi_1975.pdf hayasi_1975.pdf (685.5 kB)
Item type 学術雑誌論文 / Journal Article(1)
公開日 2013-07-12
タイトル
タイトル An Improved DNA Isolation Method for Metagenomic Analysis of the Microbial Flora of the Human Intestine
言語 en
タイトル
タイトル ヒト腸管微生物叢のメタゲノム分析のためのDNA単離法の改良
言語 ja
言語
言語 eng
キーワード
言語 en
主題Scheme Other
キーワード metagenomics, DNA isolation, human feces, microbial flora
資源タイプ
資源タイプ journal article
著者 林, 哲也

× 林, 哲也

WEKO 16331

林, 哲也

ja-Kana ハヤシ, テツヤ

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Morita, Hidetoshi

× Morita, Hidetoshi

WEKO 16332

en Morita, Hidetoshi

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Kuwahara, Tomomi

× Kuwahara, Tomomi

WEKO 16333

en Kuwahara, Tomomi

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Ohshima, Kenshiro

× Ohshima, Kenshiro

WEKO 16334

en Ohshima, Kenshiro

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Sasamoto, Hiroyuki

× Sasamoto, Hiroyuki

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en Sasamoto, Hiroyuki

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Itoh, Kikuji

× Itoh, Kikuji

WEKO 16336

en Itoh, Kikuji

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Hattori, Masahira

× Hattori, Masahira

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en Hattori, Masahira

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Hayashi, Tetsuya

× Hayashi, Tetsuya

WEKO 9849

en Hayashi, Tetsuya

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Takami, Hideto

× Takami, Hideto

WEKO 16339

en Takami, Hideto

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抄録
内容記述タイプ Abstract
内容記述 The efficiency with which lysis of five strictly anaerobic and six facultatively anaerobic bacterial species, all well-known human colonic commensals, were lysed was tested using a reference method for general metagenomic analysis and an improved method that involves higher levels of lysozyme and proteinase K, as well as the addition of achromopeptidase. Ten species were lysed with an efficiency of >80% by the reference method, while the lytic efficiency for Clostridium ramosum JCM 1298T was <50%. The lytic efficiency of the improved method for C. ramosum JCM 1298T was 82.5%. Similarly, five samples of human feces were tested with these methods, as well as with the QIAamp DNA stool mini kit. Although the efficiency of lysis of the microbes recovered from the fecal samples fluctuated depending on the sample in the cases of the reference method (13.3-84.6%) and QIAamp DNA stool mini kit (38.8-69.2%), the improved method gave stable and high-level lysis (>90%) for all the fecal samples. Accordingly, since the DNA samples isolated by the improved method can reflect nearly true genomic information in the microbial flora, our improved method should be applicable to metagenomic analyses, not only for bacteria in the human intestine but also for bacteria in other environments.
書誌情報 Microbes and environments

巻 22, 号 3, p. 214-222, 発行日 2007-09
出版者
出版者 日本土壌微生物学会
出版者
出版者 JAPANESE SOCIETY OF SOIL MICROBIOLOGY
ISSN
収録物識別子タイプ ISSN
収録物識別子 13426311
著者版フラグ
出版タイプ VoR
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Ver.4 2023-07-30 05:18:54.594248
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Ver.2 2023-07-29 12:48:10.169418
Ver.1 2023-05-15 11:43:35.492767
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Cite as

林, 哲也, Morita, Hidetoshi, Kuwahara, Tomomi, Ohshima, Kenshiro, Sasamoto, Hiroyuki, Itoh, Kikuji, Hattori, Masahira, Hayashi, Tetsuya, Takami, Hideto, 2007, ヒト腸管微生物叢のメタゲノム分析のためのDNA単離法の改良: JAPANESE SOCIETY OF SOIL MICROBIOLOGY, 214–222 p.

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