WEKO3
アイテム
GPGPUを用いた並列DPマッチングによる大域アラインメントの高速化
http://hdl.handle.net/10458/4139
http://hdl.handle.net/10458/4139a26a1701-29fd-446e-9020-cac8e7f73b90
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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engineering41_323-326.pdf (801.6 kB)
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| Item type | 紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1) | |||||||||||||||||
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| 公開日 | 2012-11-02 | |||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||
| タイトル | GPGPUを用いた並列DPマッチングによる大域アラインメントの高速化 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||
| タイトル | High-speed Global Alignment by Parallel DP Matching assisted with GPGPU | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 言語 | ||||||||||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||
| 主題 | Dynamic Programming, global alignment, DNA sequence, Graphical Processing Unit, GPU, Compute Unified Device Architecture, CUDA | |||||||||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||||||||
| 資源タイプ | departmental bulletin paper | |||||||||||||||||
| その他（別言語等）のタイトル | ||||||||||||||||||
| その他のタイトル | GPGPU オ モチイタ ヘイレツ DP マッチング ニヨル タイイキ アラインメント ノ コウソクカ | |||||||||||||||||
| 言語 | ja-Kana | |||||||||||||||||
| 著者 |
山森, 一人
× 山森, 一人
WEKO
11805
× 河野, 忠明× 吉原, 郁夫× 相川, 勝
WEKO
12201
× Kawano, Tadaaki |
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| 抄録 | ||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||||||||
| 内容記述 | Recent advance of genomic analysis technologies gives us a lot of DNA sequence data. Many researchers apply these data for post-genomic investigation. To find the optimum global alignment is investigated as one of the most important tasks of post-genomic investigation because it is the first step of there researches. Dynamic Programming (DP) matching is a major way to find the optimum alignment between sequences. However, DP matching requires O(N^2) memory space to align the sequences consisting of N bases. To reduce memory space, divide and conquer algorithm is used with DP matching, but it leads longer computation time. In this paper, we propose a high-speed method to obtain the optimum global alignment by parallel DP maching assisted with GPGPU(General Purpose computing on Graphics Processing Unit). In this method, we utilize many stream processors like an arithmetic pipeline. Experimental results showed that our method achieved about five times faster than that by CPU. | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 書誌情報 |
ja : 宮崎大学工学部紀要 en : Memoirs of Faculty of Engineering, University of Miyazaki 巻 41, p. 323-326, 発行日 2012-07-30 |
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| 出版者 | ||||||||||||||||||
| 出版者 | 宮崎大学工学部 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 出版者 | ||||||||||||||||||
| 出版者 | Faculty of Engineering, University of Miyazaki | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| ISSN | ||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 05404924 | |||||||||||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||||||||
| 収録物識別子 | AA00732558 | |||||||||||||||||
| 著者版フラグ | ||||||||||||||||||
| 出版タイプ | VoR | |||||||||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 | |||||||||||||||||
