WEKO3
アイテム
並列DPマッチングによる大域アラインメントの高速化
http://hdl.handle.net/10458/3236
http://hdl.handle.net/10458/323624789adf-f87e-4892-963e-682f9f64f79c
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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engineering39-53.pdf (920.2 kB)
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| Item type | 紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1) | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2011-02-25 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | 並列DPマッチングによる大域アラインメントの高速化 | |||||
| 言語 | ja | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | High-speed Global Alignment by Parallel DP Matching | |||||
| 言語 | en | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| キーワード | ||||||
| 言語 | en | |||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | Dynamic Programming, DP matching, global alignment, DNA sequence, parallel, branch-cut | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||
| 資源タイプ | departmental bulletin paper | |||||
| その他（別言語等）のタイトル | ||||||
| その他のタイトル | ヘイレツ DP マッチング ニヨル タイイキ アラインメント ノ コウソクカ | |||||
| 言語 | ja-Kana | |||||
| 著者 |
山森, 一人
× 山森, 一人× 東, 博志× 吉原, 郁夫× Higashi, Hiroshi |
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| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | Recent advance of genomic analysis technologies gives us a lot of DNA sequence data. These are used for further genome analysis. To find the optimum global alignment is investigated as one of the genomic analysis. For this purpose, Dynamic Programming (DP) matching is usually used. However, DP matching requires storage space in the square of the length of the sequences. For example, to find the optimum global alignment for one million bases, 1TB memory is needed. So, divide and conquer method is proposed to reduce required memory space. However, it leads increasing of the amount of calculation of DP matching. So we propose a method to achieve fast computation time with small required memory by combination of branch-cut and parallel processing. Our method succeeded to reduce computation time to 8% of conventional method. | |||||
| 言語 | en | |||||
| 書誌情報 |
ja : 宮崎大学工学部紀要 en : Memoirs of Faculty of Engineering, University of Miyazaki 巻 39, p. 345-350, 発行日 2010-09-30 |
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| 出版者 | ||||||
| 出版者 | 宮崎大学工学部 | |||||
| 言語 | ja | |||||
| 出版者 | ||||||
| 出版者 | Faculty of Engineering, University of Miyazaki | |||||
| 言語 | en | |||||
| ISSN | ||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||
| 収録物識別子 | 05404924 | |||||
| 書誌レコードID | ||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||
| 収録物識別子 | AA00732558 | |||||
| 著者版フラグ | ||||||
| 出版タイプ | VoR | |||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 | |||||
